Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События фильма разворачиваются после завершения сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона». Карточная игра «Авангард» к этому моменту прочно вошла в повседневную жизнь многих людей, включая Айти Сэндо и Тосики Кая. Привычный порядок нарушает Такуто Тацунаги, который объявляет о проведении турнира по приглашениям. Он собирает сильнейших игроков «Авангарда» со всего мира, в том числе Айти и Тосики. Такуто организует это соревнование с целью предотвратить разрушение мира. Главным призом турнира является карта «Гармоничного Мессии».

Параллельно с подготовкой к турниру по миру прокатывается волна исчезновений воинов, владеющих картами «Авангарда». За этими исчезновениями стоит Кодзи Ибуки. Айти и Тосики предстоит разобраться в происходящем и выяснить, смогут ли они предотвратить разрушение мира и одержать победу над Кодзи.