Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато и его дигимон-партнёр Гилмон вступают в партнёрство после встречи друг с другом. Они отправляются на курорт в Окинаве, который отличается природной красотой и спокойной обстановкой. По прибытии герои обнаруживают, что по компьютерам Японии распространяется вирус. Возникает вопрос о связи этого явления с дигимонами. Появление Минами, ещё одного укротителя дигимонов, добавляет новые обстоятельства в развитие событий.

На фоне курортного отдыха начинают происходить необычные события. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону. Такато пытается выяснить причины этой агрессии и разобраться в связи вируса с миром дигимонов. В ходе поисков он сталкивается с препятствиями и опасностями. Постепенно раскрывается сеть взаимосвязанных событий, объединяющих Такато, Гилмона и других дигимонов. Герой получает новые знания о своих способностях и о мире дигимонов. В процессе он встречает новых союзников и противников, а изучение прошлого и настоящего помогает ему определить своё положение в этой вселенной.