Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Неизвестный в маске самурая совершает убийства пяти человек в разных городах Японии: троих в Токио, одного в Осаке и одного в Киото. Полиция выясняет, что каждый из убитых был членом банды Гэндзиботару, занимавшейся кражей буддийских статуй и артефактов. Участники банды использовали псевдонимы слуг Минамото-но Ёсицунэ. У следствия нет явного мотива или зацепок для поиска других членов группы, поэтому дело заходит в тупик.

Ситуация меняется, когда храм в Киото обращается за помощью к Когоро Мори. Монахи получили анонимное письмо с загадкой, которая может помочь вернуть давно утраченную статую. Конан Эдогава и старшеклассник-детектив Хэйдзи Хаттори объединяются для разгадки шифра и поиска убийцы. Хаттори также ищет свою возлюбленную из детства. Используя знание Киото, Хаттори и Конан исследуют город и постепенно приближаются к истине. Убийца совершает новое нападение на члена банды, затем предпринимает попытки убить Хаттори и похищает его возлюбленную. Чтобы остановить кровопролитие и спасти девушку, Конан и Хаттори должны совместно раскрыть скрытые улики.