Нэгима?! Весенний спецвыпуск?!

После событий первого года работы Нэги в качестве учителя, его класс 2-A отправляется на весенние каникулы на остров. На момент начала повествования основные конфликты предыдущего периода урегулированы. Однако Нэги продолжает оставаться в центре внимания учениц класса. Дополнительную проблему создает его ссора с Асуной, которая обижена на него из-за его слов о том, что её присутствие не имеет отношения к его обучению магии.

В ходе школьной поездки ситуация между Нэги и Асуной обостряется. Одноклассницы Асуны предпринимают попытки помочь Нэги наладить с ней отношения. Развитие их взаимодействия на фоне островных каникул становится одной из центральных линий сюжета.