Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза

События разворачиваются после завершения истории, показанной в аниме-фильме «Бэтмен-ниндзя». Главный герой, Брюс Уэйн, продолжает существовать в феодальной Японии, куда он и его противники были перенесены из современного Готэма. В этом новом мире он сталкивается с последствиями предыдущих событий и новыми угрозами. Сюжет сосредоточен на попытках Бэтмена адаптироваться к японской культуре и технологиям того времени, а также на его взаимодействии с местными жителями и союзниками. Основной конфликт строится вокруг противостояния с врагами, которые также остались в этом временном периоде и стремятся использовать свои знания и способности для достижения власти.

В центре повествования находится расследование таинственных происшествий, связанных с появлением загадочных артефактов и существ. Бэтмен объединяется с некоторыми персонажами из оригинальной истории, включая версию Джокера, который в этом мире принял иную форму. Вместе они пытаются предотвратить катастрофу, которая может уничтожить как феодальную Японию, так и возможные пути возвращения в родной мир. Ключевая интрига заключается в том, как персонажи используют навыки, полученные в обоих мирах, и какие компромиссы им приходится идти ради достижения своих целей. Финал оставляет пространство для дальнейшего развития событий в этом сеттинге.