Индекс волшебства II

Сюжет разворачивается вокруг Индекс, девушки, которая хранит в своей памяти 103 тысячи запрещённых Церковью гримуаров. Из-за этого её продолжают преследовать влиятельные магические организации, стремящиеся использовать эти знания в своих целях. Основные события происходят в Академия-Сити, где Индекс живёт и сталкивается с постоянными угрозами со стороны волшебников.

Главный герой Тома Камидзё, близкий друг Индекс, вместе с Микото Мисакой и другими товарищами защищает её от посягательств. Персонажи объединяют усилия, чтобы противостоять магическим обществам и не допустить захвата гримуаров. Развитие сюжета строится на их попытках сохранить безопасность Индекс и предотвратить использование запрещённых знаний в корыстных целях.