Аркадия моей юности: Бесконечный путь SSX

События разворачиваются после поражения в войне против Империи Иллюмидус, которая захватывает и уничтожает обитаемые планеты. Земля полностью перешла под контроль инопланетных захватчиков. Капитан Харлок и его союзники объявлены врагами человечества и изгнаны с планеты. Иллюмидус инициировал розыск Харлока, Тотиро и Эмеральды, присвоив им кодовые номера S-00999, S-00998 и X-00001 соответственно.

Преследование осуществляется не только силами Империи, но и множеством людей, желающих получить вознаграждение за поимку разыскиваемых. Бывшие защитники Земли вынуждены сражаться одновременно против захватчиков и охотников за головами. Несмотря на изменившиеся обстоятельства и возросшее число противников, группа продолжает свой путь и попытки сопротивления.