Z/X: Код воссоединения

После завершения войны между людьми и зексами — существами из пяти параллельных миров — было заключено временное перемирие. Главная героиня, болезненная девочка Адзуми Кагамихара, становится ключевой фигурой в поддержании этого хрупкого равновесия. Её партнёром выступает Ригель, хладнокровный зекс из Голубого Мира. Адзуми предстоит обучение в Академии Фудзимисаки, специальном учебном заведении, созданном для подготовки пар из человека и зекса.

После поступления в академию Адзуми знакомится с другими девушками, которые также являются частью таких пар. Вместе они начинают проходить интенсивные тренировки, направленные на развитие их способностей и взаимодействия с зексами. Успех обучения и дальнейшая судьба миров зависят от того, насколько эффективно эти пары смогут работать вместе в условиях продолжающегося напряжения между людьми и существами из параллельных миров.